• Темрюкский отдел по надзору на море
• Новороссийский отдел по надзору на море
• Отдел геологического надзора и охраны недр
• Отдел Государственной экологической экспертизы и нормирования
• Отдел делопроизводства и административно-хозяйственного обеспечения
• Отдел кадрового обеспечения
• Отдел по взаимодействию с органами гос-ой власти РФ и местного самоуправления
• Отдел по координации и надзору деятельности управления Роспророднадзора по субъектам РФ
• Отдел по надзору на море
• Отдел по надзору на море ( г. Астрахань, г. Лагань)
• Отдел правового обеспечения
• Отдел учета платы за негативное воздействия на окружающую среду
• Отдел Экологического надзора по Ростовской области
• Отдел экономики,финансов и бухгалтерского учета
• Сочинский отдел по надзору на море и государственной экологической экспертизы
• Специальный отдел
• Таганрогский отдел по надзору на море