• Руководство
• Административно-хозяйственный отдел
• Отдел Государственного ветеринарного надзора за обеспечением здоровья животных
• Отдел бухгалтерского учета и отчетности
• Отдел Государственного ветеринарного надзора за безопасностью продукции животного происхождения и лабораторного контроля
• Отдел Государственного ветеринарного надзора на государственной границе
• Отдел земельного контроля
• Отдел кадров, мобилизационной подготовки и охраны труда
• Отдел лесного и пожарного контроля и надзору
• Отдел надзора в области внешнего карантина растений
• Отдел надзора в области внутреннего карантина растений и надзора в сфере качества и безопасности зерна
• Отдел по надзору за безопасным обращением с пестицидами и агрохимикатами
• Отдел правовой работы
• Отдел семенного контроля